La esencia de los CIBER es favorecer el trabajo colaborativo multidisciplinar de grupos con distintos acercamientos a un problema común. En el caso del CIBERSAM, los estudios sobre salud mental pretenden tener un carácter traslacional que permita resultados innovadores. Así, en el CIBER de Salud Mental existen grupos principalmente clínicos y grupos que destacan por sus cualidades en los campos de la farmacología, bioquímica, genética, imagen, biología molecular o epidemiología. La evaluación externa periódica de estos grupos asegura la calidad y excelencia de los mismos de forma continuada.

En el CIBERSAM se llevan a cabo más de un centenar de proyectos colaborativos financiados a través de convocatorias externas al propio CIBER y convocatorias intramurales. El número de grupos en estos proyectos colaborativos oscila entre 2 y 16. Las líneas de investigación más importantes del CIBERSAM son la investigación en depresión, trastorno bipolar, esquizofrenia y en patologías como los trastornos mentales en la infancia y adolescencia, la psicogeriatría y los trastornos de ansiedad. La mayor parte de los proyectos pretenden dar respuestas planteadas desde la clínica a través de estudios de neurociencia traslacional. Existen también proyectos con un componente epidemiológico, de carga de enfermedad o metaanalítico. Por último, algunos proyectos buscan la creación de nuevos instrumentos, validación y perfeccionamiento de instrumentos existentes que nos permitan evaluar mejor aquello que queremos estudiar en áreas como la psicopatología, funcionamiento, evaluación de necesidades, neuropsicología o neuroimagen, entre otras.