Como se define en los estatutos, el gobierno y administración del CIBERSAM correrá a cargo de los siguientes órganos: el Consejo Rector y su Comisión Permanente y unos órganos de Dirección representados por el Comité de Dirección, el Director Científico y la Gerencia.

Director Científico
Dr. Celso Arango López
Responsable de calidad, evaluación interna y bioética
Dra. Ana González - Pinto Arrillaga
Responsable de formación y movilidad
Dr. Ángel Pazos Carro
Responsable de programas europeos
Dr. José Luis Ayuso Mateos
Responsable de bases de datos comunes
Dr. Julio Sanjuán Arias
Responsable de relaciones institucionales y difusión
Dr. Miquel Bernardo Arroyo
Responsable de plataformas
Dr. Josep María Haro Abad
Gerente
Dr. Álvaro Melero Talavera