El equipo de Administración del CIBERSAM tiene su sede en Madrid, calle Dr. Esquerdo 46, en el Hospital Gregorio Marañón, Pabellón de Gobierno, 1ª planta. Su misión es realizar una adecuada gestión de personal, pagos a proveedores, gestión de activos, contratación administrativa, negociación de convenios y, en definitiva, facilitar la interlocución entre los grupos de investigación, dispersos geográficamente entre sí y con los órganos de administración del CIBERSAM.